光学显微镜在表面瑕疵检测中的限制主要包括以下几点：
1. 分辨率限制：光学显微镜的分辨率有限，这意味着它可能无法揭示样品表面的所有细节，特别是那些非常小的瑕疵。阿贝极限将光学显微镜的分辨率限制在约200纳米处，这也限制了其对更小瑕疵的检测能力。
2. 焦距和范围限制：光学显微镜的焦距有限，因此它不能用于观察比预期更大或更小的物体，这可能导致无法完全看到样品表面的瑕疵。焦距的限制也意味着观察范围有限，对于大型样品，可能无法一次性观察到整个表面的瑕疵情况。
3. 透明度和对比度问题：如果样品透明度较高或对比度较低，光学显微镜可能无法产生足够的对比度来分辨细小的瑕疵。这可能需要特殊的染色或镀膜处理来提高样品的对比度。
4. 深度限制：对于较厚的样品，光学显微镜可能由于深度限制而无法在整个样品内部提供清晰的图像，这可能会影响对样品表面瑕疵的准确检测。
5. 样品处理和准备：光学显微镜观察前需要对样品进行特定的处理和准备，如清洁、固定、切片和染色等。这些步骤可能会影响样品表面的瑕疵，甚至可能引入新的瑕疵或改变原有瑕疵的形态。
光学显微镜在表面瑕疵检测中受到分辨率、焦距、范围、透明度和对比度、深度以及样品处理和准备等多种因素的限制。在实际应用中，需要根据具体需求和样品特性选择合适的检测方法和设备。
